农民专业合作社作为一种新型经营主体，在深化农业供给侧结构性改革、助推乡村产业振兴中发挥着重要作用，近年来中央一号文件多次对农民专业合作社发展提出明确要求，给予了诸多扶持政策，但在发展过程中仍存在一些不容忽视的的问题，亟需重视解决。
一、存在问题
一是部分合作社运行不规范。近年来，国家对专业合作社等经营主体支持力度不断加大，一些农村种植养殖大户为得到政策、资金支持，以亲属或关系较好的农民群众为社员，采取土地入股等方式成立农民专业合作社，在得到财政补助资金后，就由合作社负责人自己安排使用，其他成员基本不参与管理、经营和利益分配，产生出很多“挂名社”“空壳社”。一些农民专业合作社运作“僵化”，缺乏科学合理运行机制，内部组织结构松散、管理粗放，代表会、理事会、监事会形同虚设，成员对权、责、利意识观念淡漠；有的只是登记注册，并没有开展实质性的生产联合服务；有的仍然按照农村经纪人模式运作，盈亏属于自己，与成员无关。
二是监督管理机制不健全。涉及合作社的发展市场监管、农业农村、财政等部门，对专业合作社注册登记、运营管理、资金发放等方面制度机制不健全，缺乏对合作社内部运营情况的综合评价机制，对补助项目的实施过程和实施效果缺乏有效监管手段。一些农民专业合作社管理体制、运行机制不健全，虽然有章程、内部管理、财务管理等相关“纸质”约束机制，但实际运营流于形式，运作和管理随意性较大，社内管理缺乏民主化，对社员的二次分配比例较小，严重制约了专业合作社带动功能发挥。
三是经营管理人才比较少。近年来农村大量青壮年劳动力外出就业，大部分农民合作社成员是传统型农民，文化素质偏低，没有受过专业培训，经营管理能力难以掌控产前、产后的服务。由于缺乏懂技术、会管理、善经营的复合型人才，一些合作社仍处于家庭作坊式经营，在标准化生产、产品深加工、仓储物流、品牌打造、网点营销、市场开拓等方面还比较欠缺，不能为成员及周边农户提供产前、产中、产后“一条龙”服务，综合效益难以发挥。
四是抵抗市场风险能力弱。大多数合作社生产经营资金短缺，融资渠道狭窄，对财政资金扶助依赖比较严重，有的仅靠部分成员个人贷款维持，难于满足长远发展需要，造成合作社规模普遍偏小、整体实力薄弱、合作层次不高。受资金、人才、机制等因素制约，合作社缺乏相应的风险防范机制，合作社之间、社员之间、社员与合作社之间缺乏多形式、深层次的联结，在发挥带动作用、参与市场竞争和抵御市场风险方面的能力不强。
